Im Chor steht der barocke, zweigeschossige Hauptaltar, der 1710 von Hans Hinrich Römers aus Hamburg geschaffen wurde. Er zeigt von unten nach oben betrachtet das letzte Abendmahl, die Geburt Christi und ein Kruzifix. Ganz oben in der Mitte steht auf einem Sockel mit Teufelsfratze der segnende Christus mit Fahne. Links und rechts von ihm befinden sich Engel mit den Leidenswerkzeugen.
Die vier Personen an den Seiten sind Darstellungen der vier Evangelisten, die über ihre Attribute Löwe (Markus), Engel (Matthäus), Stier (Lukas), Adler (Johannes) identifizierbar sind.
Zwischen den Geschossen liest man den Namen des Stifters Michael Wilckens. Der aus Buxtehude stammende Hamburger Senator hatte als Reeder eine besondere Beziehung zu seiner damals schwedischen Vaterstadt. Sie ermöglichte ihm unter schwedischer Flagge zu segeln und so der Kaperung durch französische Kriegsschiffe zu entgehen.
